Las moleculas clase II se han asociado como predisponentes geneticos para la prevencion o el desarrollo de patologias. Se han relacionado alelos particulares con ciertas enfermedades, ya sea por compromiso directo de las moleculas clase II en la etiologia de la enfermedad, o de su desequilibrio de ligamiento con otros genes que facilitan el desarrollo de enfermedades. Se reportan variaciones en las frecuencias de los alelos de HLA-DR y HLA-DQ en diferentes poblaciones.
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